« La pandémie de Covid-19 est étroitement liée à la question de l’environnement »

L’actuelle pandémie de Covid-19 vient cruellement nous rappeler le fait, trop longtemps négligé, tant dans les priorités de recherche que dans les politiques publiques, que santé humaine, santé animale et santé des écosystèmes sont étroitement liées, que l’une ne va pas sans les autres, comme le souligne l’approche interdisciplinaire dite « une seule santé » (One Health).

Les coronavirus appartiennent à l’immense famille des coronaviridés, en circulation naturelle parmi de nombreuses espèces animales, avec des effets variés, de l’inoffensif au mortel. Ce sont des virus à ARN [acide ribonucléique], donc très sujets à mutations, et au génome très long, donc propice à des recombinaisons.

Quatre types de coronavirus bénins sont déjà connus, chez l’humain, pour affecter les systèmes respiratoire (ils seraient responsables de 15 à 30 % des rhumes courants) et, plus rarement, gastro-intestinal, cardiaque et nerveux.

Trois autres types provoquent des infections graves : SARS-CoV, connu pour avoir été à l’origine d’une épidémie de pneumonie aiguë chez les humains en 2002-2003, SARS-CoV2, proche du précédent et responsable de la pandémie en cours, et MERS-CoV, qui a sévi au Moyen-Orient en 2012.
Recombinaison entre deux virus différents

Les analyses génétiques montrent que le SARS-CoV-2 appartient au même groupe des Betacoronavirus que le virus RaTG13, isolé à partir d’une chauve-souris provenant de la province chinoise du Yunnan. Plus récemment, un virus encore plus proche a été isolé chez le pangolin malais. La région particulière de la protéine du virus qui lui permet d’infecter les cellules humaines présente 99 % d’identité avec le SARS-Cov-2 (contre 77 % seulement pour le virus RaTG13, qui n’est pas en mesure de contaminer directement les humains). Cela suggère que SARS-Cov-2 est issu d’une recombinaison entre deux virus différents, l’un proche de RaTG13 et l’autre plus proche de celui du pangolin.

Une première leçon de ce constat sur les origines probables du virus est qu’il ne servirait à rien d’éradiquer les pangolins, ni les chauves-souris. Les virus de cette famille courent à travers toute la biodiversité des mammifères, laquelle comporte de nombreux porteurs sains.